La chiesa del Purgatorio, sede della Confraternita del Purgatorio, non sempre ha avuto l’aspetto e le strutture architettoniche attuali. Fino alla metà del 600 era chiamata chiesa di San Cleto ed era costituita da una sola navata eretta sulla cisterna romana comunemente chiamata “grotta di San Cleto”.
Nel 1643 la nobildonna Elisabetta Zazzarino, vedova ed erede di Giovanni Pietro Caputi, donò alla Diocesi alcune abitazioni attigue alla chiesa di San Cleto affinché su di esse si erigesse una chiesa dedicata alle Anime del Purgatorio. La Platea della Confraternita, datata 1696, attesta che vennero donate
“tre camere… bassi, cellari, pozzi e altri membri [...] confinanti con la chiesa del nostro glorioso protettore San Cleto [...] sita avanti la Porta Nuova per andare a Molfetta, acciò destrutte quel sito si convertisse in una chiesa ò oratorio a suffragio dei pij defunti”.
Nello stesso anno 1643, il Vescovo di Ruvo mons. Cristoforo Memmoli affidò ai sacerdoti don Sante di Gioia, don Giovanni Rubini e don Pantaleo Di Terlizzi l’iniziativa per la costruzione della chiesa. Questi aggregarono altre due case pericolanti confinanti con quelle donate dalla nobildonna e fecero costruire a ridosso della più piccola chiesa di San Cleto una seconda navata di forma asimmetrica.
Secondo quanto riportato da Antonio Marinelli e Giuseppe Villani nel volume “La Confraternita del Purgatorio” (Terlizzi, Centro Stampa, 2008), interpretando la platea del 1696 e il manoscritto d’inventario del 1729 si potrebbe dedurre che la chiesa di San Cleto non venne dotata di una nuova navata ma, invece, venne “demolita fino al suolo” affinché si potesse “poi edificare una chiesa da dedicarsi alle alme del Purgatorio”.
La nuova chiesa a due navate fu benedetta dall’Arciprete don Marco Modesti e fu, inizialmente, dedicata all’Arcangelo Michele, definito dal Sinodo di Ruvo del 1595 “Protector et custos Diocesis”.